在探讨“因查出艾滋病被公司辞退，是否违法”这一问题时，我们需要深入理解相关的法律法规，并结合具体情境进行综合分析。本文旨在为广大网民提供一个清晰、全面的法律解答。

首先，我们要明确的是，根据《艾滋病防治条例》第三条的规定，任何单位和个人不得歧视艾滋病病毒感染者、艾滋病病人及其家属。这意味着，艾滋病病毒感染者、艾滋病病人及其家属在婚姻、就业、就医、入学等合法权益方面均受法律保护。因此，从法律层面来看，一般情况下，用人单位不得因员工查出艾滋病而将其辞退。

然而，也存在一些特殊情况。例如，根据《艾滋病防治条例》及公共场所卫生管理的相关规定，如果员工从事的是与餐饮、医疗、托幼等密切相关的行业，由于其工作性质存在较高的传染风险，用人单位在员工办理健康证时通常会进行艾滋病等相关传染病的检查。如果员工被检测出患有艾滋病，且其从事的工作确实存在传染风险，那么用人单位可以依据相关法律法规和公司的规章制度，依法解除劳动合同。

那么，如果员工因查出艾滋病被公司辞退，且认为公司的做法违法，应该如何维护自己的合法权益呢？

1. 了解相关法律法规：首先，员工需要了解《艾滋病防治条例》等相关法律法规，明确自己的合法权益和用人单位的责任。

2. 收集证据：员工需要收集与公司存在劳动关系的证明材料，如劳动合同、工资单、社保缴纳记录等，以及公司辞退员工的通知书或相关文件。

3. 申请劳动仲裁：如果员工认为公司的辞退行为违法，可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，员工需要准备劳动仲裁申请书、身份证明及复印件、被申请人工商注册信息资料等相关材料。

4. 参与仲裁流程：劳动仲裁委员会在收到申请后，会依法进行受理、开庭审理、调解和裁决